里昂足球俱乐部，成立于1950年，位于法国东南部罗纳-阿尔卑斯大区里昂。里昂的前身是成立于1889年的里昂奥林匹克体育俱乐部足球部。1950年，一群持不同政见者从里昂奥林匹克大学俱乐部分裂出来，成立了里昂。

1951年，里昂获得了法国乙级联赛成立后的第一个冠军，1953年再次获得法国足球乙级联赛冠军。20世纪60年代，里昂打进欧洲冠军杯半决赛，三次晋级法国杯决赛，两次夺冠(1964年和1967年)。1964年，内斯托·孔班在对阵波尔多的决赛中梅开二度。1967年，弗勒里·迪纳罗打进了职业生涯的最后一球，帮助里昂成功夺得法国杯。

1973年，里昂再次赢得法国杯。伯纳德·拉孔贝打入制胜一球，帮助里昂队在决赛中战胜南特队。

七八十年代是里昂没有奖杯的时期，但所有权和领导权的变更在里昂和法国足球的历史上留下了不可磨灭的记忆。1987年，让-米歇尔·霍勒斯买下里昂，成为俱乐部主席。让·米歇尔·霍勒斯投资了很多钱。他极力劝说后来带领法国队获得德国世界杯第二名的教练雷蒙德·多梅内克担任球队教练。他听从多梅内克的建议，清洗了7名平均年龄28岁的球员，引进并内部提拔了8名平均年龄23岁的年轻球员。在一个夏天的时间里，球队由旧换新，最终让里昂变成了法国。

1988-89赛季，里昂在雷蒙德·多梅内克的带领下，以法乙冠军的身份冲向甲级；1990-91赛季，里昂以法甲第五的成绩杀入联盟杯。1993年夏天，霍勒斯主动结束了与多梅内克的合作，让·蒂加纳成为里昂主教练。1995年，里昂获得法甲第二名，这是他们90年代的最好成绩。

2000年，雅克·桑蒂尼接替伯纳德·拉孔贝出任主教练，在雅克·桑蒂尼的带领下，里昂连续获得法国足球联赛三强。2000-01赛季，里昂在联赛杯决赛中击败摩纳哥，获得了自1973年法国杯以来的第一座奖杯。雅克·桑蒂尼带领里昂队获得了甲级联赛的第二名。

2001-02赛季，里昂开局出色，9轮过后成为法甲领头羊。然而，10月份，里昂被兰斯超越，成为联赛第二。联赛中期一度落后兰斯七分，追赶者的状态一直持续到第34轮。最后一战(第34轮)，里昂主场迎战兰斯。在4万名观众的欢呼声中，里昂3-1击败对手，积分超过兰斯，获得球队历史上第一个联赛冠军。赛季结束后，主教练雅克·桑蒂尼被提升为法国国家队主教练。

2002-03赛季，雅克·桑蒂尼离开，雷恩少年教练保罗·甘乐成为里昂主教练。在主场取得两场大胜(6-1战胜色丹和4-1战胜巴斯蒂亚)后，保罗·莱贡很快被球迷和球员接受。但随着欧冠的开始，里昂在9月和10月的表现依然平平。联赛第八轮主场1-3不敌摩纳哥后，里昂仅排在积分榜第10位，落后奥泽尔和6分，之后又落后马赛11分。凭借过人的执教能力和顽强的意志，保罗·勒·冈带领球队在接下来的6场比赛中取得5胜1平，重返冠军宝座。球队依靠强大的中场取得六连胜，最终提前一轮夺冠。

2003-04赛季，保罗·勒·冈大力提拔新人。赛季中期，里昂一度落后领头羊摩洛哥10分。这个时候，欧洲冠军联赛的形势让法甲冠军发生了很大的变化。摩洛哥在欧冠一路高歌，于是摩洛哥决定放弃联赛冠军的争夺，全力进攻欧冠。此时，里昂的新人经过半个多赛季的训练，已经迅速成熟。联赛后半段，他们赢得了比赛，终于在最后时刻扳回一局，让三连冠梦想成真。

2004-05赛季，里昂首战1-0击败对手，第9轮和第10轮分别以3-0和4-0击败圣艾蒂安和卡昂，首次登上积分榜榜首。2005年5月9日，法甲第35轮，里昂2-1击败阿雅克修。里昂积72分，领先第二名里尔11分，提前三轮杀入前三。这是他们连续第四年获得法甲冠军。

2005年，前利物浦主帅杰拉德·霍利尔回到法国，成为里昂的新任主教练。在冠军联赛F组的比赛中，里昂队以2:1击败了希腊的奥林匹亚科斯队。同年10月24日，里昂在法国足球联赛第12轮比赛中4:0击败梅斯。

2005年9月13日，里昂3:0击败皇马。上半场里昂占据主动，30分钟内连入两球，2-0击败皇马。下半场双方场上节奏放缓，皇马进攻低效，里昂有意控制局面。2:0的比分一直保持到最后。皇马击败热尔兰球场，里昂再次验证了“皇马克星”的美誉。

2006年4月15日，法甲第35轮，里尔以3: 2击败排名第二的波尔多，而波尔多落后里昂14分，在剩下的比赛中无法追平，里昂因此提前送上冠军宝座。

2006-07赛季，里昂主席投资1.2亿欧元打造了一支全新的里昂队，试图在欧洲赛场上有所突破。联赛开始时，里贝利率领的马赛队一度与里昂队并驾齐驱。10月马赛逐渐落后，里昂连胜，前11轮10胜1平。

2007年，里昂遭遇大面积伤病，联赛一度陷入低谷。但是从联赛第24轮开始，里昂再次崛起，达到了5胜4平的战绩。4月22日，联赛第二名图卢兹2-3不敌雷恩，高居联赛榜首的里昂以17分的优势提前6轮夺冠，成为本赛季欧洲足坛首支夺得联赛冠军的球队。这是里昂连续第六次夺冠。同年，里昂成为首家上市的法国足球俱乐部，发行价21至24.4欧元，发行370万股，融资8400万欧元。

07-08赛季初，主力球员纷纷离开，里昂实力大减。然后主教练杰拉德·霍利尔离开了。2008年，阿兰·佩林作为里昂新任主教练，继续带领球队征战联赛。5月18日，里昂客场3-1击败奥泽尔，最终以79分领先波尔多4分夺得法甲冠军，创造了七连冠的纪录。这也是五大联赛(英超、德甲、西甲、意甲、法甲)中第一支七连冠的球队。此前最长的夺冠纪录是五连冠，纪录保持者是1931-35年的尤文图斯和1961-65年、1986-90年的皇马。

2009-10赛季，皇马从里昂买来卡卡、c罗、本泽马。欧冠四分之一决赛，里昂将皇马挡在八强之外，重新进入八强，这也让皇马对里昂的战绩变成了3平3负(全部客场输球，全部主场打平)，这让皇马连续六个赛季止步欧冠八强。里昂·莱克特在击败波尔多(主场3:1，客场0:1，总比分3:2)后历史性地杀入四强。

2008-09赛季，里昂在法甲排名第三，联赛冠军被波尔多夺得。

2010-11赛季次回合，里昂客场0-3不敌皇马，这也是皇马近年来首次大胜里昂，同时时隔7年再次杀入欧冠八强。2010年4月，里昂在欧冠联赛中两轮总比分3:2击败波尔多，这也是里昂首次晋级欧冠四强。进入四强后，里昂因经营策略问题陷入低谷。2012-13赛季，很多球员离开了里昂。

2014-15赛季，里昂无缘欧洲小组赛，达到19年最差战绩。

2015-16赛季，里昂新球场奥林匹克公园球场竣工投入使用。里昂在倒数第二场6-1不敌摩纳哥，最终获得第二名。

在2018-19赛季，马里亚诺·迪亚兹离开里昂回到了马德里。里昂决定签下法国前锋穆萨·邓比勒作为他的替代者。联赛中，里昂获得第三名，直接进入下赛季欧冠小组赛。这是里昂连续第23个赛季获得欧战资格。

2019-20赛季，里昂上半赛季表现不佳，排名法甲第七。疫情粉碎了里昂下半赛季重返欧战区的幻想，法国足协提前终止了赛季。欧冠里昂击败尤文图斯和曼城杀入半决赛，但半决赛被拜仁0-3淘汰。同时，在法国联赛杯决赛中，他们输给了巴黎圣日耳曼，无缘冠军，因此里昂无法参加下赛季的欧冠和欧联杯，这也是他们自1996年以来首次无缘欧战。

2020-21赛季上半赛季最后一轮，里昂凭借荷兰球星德普的传中2-2逼平雷恩，自2008-09赛季以来首次夺得半程冠军。里昂以40分领跑积分榜，但仅仅过了三轮就被巴黎圣日耳曼取代。最后一轮，在摩纳哥平局的情况下，球队主场不敌尼斯，最终仅排名法甲第四，无缘下赛季欧冠。

2022-23赛季，里昂10轮积14分，排名联赛第八。最近5轮法甲战平4负未尝胜绩。2022年10月10日，里昂足球俱乐部官方发表声明，称球队在赛季初的表现令人失望，远低于预期和设定的目标，因此将解雇主教练彼得·博斯、助理教练和体能训练师。与此同时，球队宣布与劳伦特布兰科(Laurent Blanco)签订一份为期两年的合同，他将成为球队的新教练。10月，主教练彼得·博斯下课，洛朗·布兰科成为主教练。12月，老鹰足球正式完成对里昂的收购。2023年5月，在法国奥尔良举行的女子法国杯决赛中，里昂2:1战胜巴黎圣日耳曼，获得冠军。7月，里昂官方宣布安哥拉后卫克林顿马塔从布鲁日转会加盟球队。